Beide sind wirklich leicht zu erreichen. Wie Artem bemerkte, kann man mit dem NJ Transit von Newark bis zur NY Penn Station fahren, was bequemer ist als die U-Bahn.
Von JFK aus kann man eigentlich eine fast identische Reise machen: Man nimmt den AirTrain von seinem Terminal bis zur Jamaika-Haltestelle, dann kann man auf jeden Zug der Long Island Railroad (LIRR) in Richtung Penn Station umsteigen. Sie landen an der gleichen zentralen, günstigen Stelle in Manhattan wie die Option NJ Transit von Newark.
Es könnte eine bessere Option sein, nach JFK zu fliegen, da es ein Wochenende ist. Es sieht so aus, als ob das LIRR zu dieser Tageszeit samstags öfter (~3 Mal pro Stunde) läuft. Die NJ Transit-Züge scheinen am :04 und :15 der Stunde zu sein - man könnte also am Ende ~50 Minuten auf einen Zug warten. (Sie können sich den NJ Transit Schedule - wählen Sie Newark Airport to New York Penn Station - und LIRR schedule - Jamaica to Penn Station - selbst ansehen). Beide Optionen kosten ca. 12-15 Dollar pro Person für die einfache Fahrt und bringen Sie direkt in die Innenstadt von Manhattan mit einfachen Verbindungen zu ca. 8 U-Bahn-Linien.
Sie haben auch die Möglichkeit, 2 Busse von Newark zur Penn Station zu nehmen, was laut Google Maps ungefähr die gleiche Zeit (~40 Minuten) ist wie mit dem Zug von JFK . Das berücksichtigt natürlich nicht den Verkehr, den Sie im Bus erleben könnten.
JFK hat die zusätzliche Möglichkeit, mit der U-Bahn nach Manhattan zu fahren. Diese Option ist zwar billiger (5 Dollar für den Flugzug + 2,25 Dollar für die U-Bahn), aber ich finde, dass diese Option viel länger dauert, und wenn sie überfüllt ist, kann der Umgang mit dem Gepäck sehr mühsam sein.
About.com hat eine schöne Zusammenfassung all Ihrer verschiedenen Optionen für Reisen nach JFK-Manhattan, sowie EWR-Manhattan Reisen . (Es gibt Shuttle-Busse von beiden Flughäfen zu verschiedenen Orten in Manhattan, aber ich kann nicht aus Erfahrung darüber sprechen)
Meine persönliche Empfehlung wäre es, nach JFK zu fliegen; den AirTrain zum LIRR zu nehmen, ist eine nette Wahl in der Mitte der Straße, die Bequemlichkeit, Komfort und Erschwinglichkeit miteinander verbindet. (Taxis sind teuer, Busse sind normalerweise langsamer und überfüllt, U-Bahnen werden überfahren oder verpasst, und ich habe noch nie den Shuttle-Bus genommen).